El club se constituyó en junio de 1975 y se federó en septiembre de ese mismo año. Tras habilitarse un espacio donde jugar, el Campo de El Regit, quedó constituido de forma inmediata el Club de Fútbol Adzaneta. La sociedad estaba presidida por Andrés Amorós Nácher quien, acompañado de Juan Tormo Quilis y Ramón Nácher Ferri, vistiendo camiseta y pantalón blancos, quedó encuadrada en la última de las categorías regionales, la Tercera Regional.

El club debutó en la temporada 75/76, campaña en la que quedó séptimo en la clasificación. Finalizó la 76/77 décimo y en la 77/78 pasó a militar en Segunda Regional, debido a una reestructuración de las categorías regionales, y en esta categoría quedó sexto tanto esa temporada como la siguiente (78/79). Concluyó séptimo en el curso 79/80, bajo la presidencia de Anastasio Amorós Nácher.

1980-1990

En los inicios de los años 80, el conjunto de El Regit continuó militando en la Segunda Regional valenciana, quedando cuarto en la campaña 80/81 y decimotercero en la temporada 81/82 de nuevo bajo la presidencia de Andrés Amorós, que se puso al frente de la entidad de forma breve. En 1982 cogió las riendas de la sociedad Damián Soler Asés y en la 82/83 se apostó por quedar lo más arriba posible, finalizando la campaña en el tercer puesto y a un paso del ascenso, que al final fue a parar a manos de la UD Portuarios, de Gandía, y CD Manuel.

En la edición 83/84 el equipo finalizó en el decimotercer puesto y en la siguiente campaña el equipo no fue inscrito en el campeonato. Después de tres años sin fútbol, en 1988 un grupo de aficionados efectuaron los movimientos oportunos para que el fútbol regresase a El Regit, buscando jugadores para poder competir, bajo la denominación de Atzenetense Unió Esportiva. Se continuó con los colores blancos y se compitió en Segunda Regional, terminando la 88/89 en el décimo puesto. El club terminó la década obteniendo un merecido título en la temporada 89/90 al acabar primero del grupo y puso la guinda logrando el ascenso a Primera Regional.

1990-2000

El debut en Primera Regional fue un gran paso para el club, haciendo un buen papel en la 90/91 al acabar noveno en la clasificación. Sin embargo, en la siguiente campaña (91/92) el equipo quedó decimoséptimo, por lo que perdió la categoría. En la 92/93 el club se reforzó confeccionando una buena plantilla y se cambió, a petición de los socios, la denominación del club que pasó a ser Atzeneta Unió Esportiva. Durante este curso, el equipo conquistó la primera plaza y el campeonato logrando 25 victorias, tres empates y tan solo dos derrotas que supusieron el regreso del club a Primera Regional.

Tras acomodarse en Primera Regional, la directiva puso todo su empeño para que el club no volviese a descender. Llegaron a Atzeneta d’Albaida jugadores acordes a la categoría que ofrecieron un gran rendimiento, quedando séptimos en las campañas 93/94 y 94/95, esta última ya bajo el mandato de Pepe Pérez Pla, quien preside actualmente el club. En la 95/96 se consiguió una meritoria cuarta plaza. Pese a que la 96/97 no fue tan buena al quedar decimoprimero, en la 97/98 se finalizó sexto y en la 98/99 noveno, cerrando la década con un trabajado cuarto puesto en la edición 99/00.

2000-2010

Al iniciarse el nuevo siglo, pese a que el campo del Atzeneta UE aún contaba con una superficie de tierra, el equipo cuajó una extraordinaria temporada 00/01, siendo tercero en liga tras La UD Altea y la UD Beniopa, y quedándose a tan solo tres puntos de ascender a Regional Preferente. Desde este momento, Grupo Ubesol, empresa fundada en 1980 y ubicada en el polígono industrial de la localidad, apoyó económicamente al club.

El club quedó sexto en la campaña 01/02, séptimo en la 02/03, noveno en la 03/04 y decimoprimero en la 04/05, campaña en la que se construyó una pequeña tribuna techada con capacidad para 200 personas. En la edición 05/06 finalizó decimosexto, por lo que se descendió a Segunda Regional, y en las temporadas 06/07, 07/08 y 08/09 se concluyó tercero, quinto y octavo, respectivamente. El equipo logró de nuevo ascender a Primera Regional tras proclamarse campeón del grupo en la campaña 09/10.

2010-2020

Gracias a las ayudas económicas del Ayuntamiento y especialmente del Grupo Ubesol, el club experimentó un progresivo crecimiento deportivo en la segunda década del siglo XXI, siendo noveno en la campaña 10/11, sexto en la 11/12, quinto en la 12/13 y octavo en la 13/14.

En 2014 el Atzeneta UE recibió una importante ayuda  de la Diputación provincial y del Ayuntamiento, que posibilitaron la implementación de césped artificial en El Regit, lo que supuso dar un paso de gigante hacia delante y que cambio de forma radical las expectativas de la entidad, no solo en el ámbito deportivo, sino también en el laboral, ya que se dijo adiós a los inconvenientes que conlleva tener una superficie de tierra. Además del acondicionamiento del terreno de juego, también se efectuaron obras en la tribuna, triplicando su capacidad, y en las instalaciones que permitieron ofrecer un aspecto excelente, y fue aprovechado por el equipo, que logró ser subcampeón de liga en la campaña 14/15 a tan solo seis puntos del Elda Industrial CF y vistiendo completamente de color naranja. Al quedar segundo, se disputó la Promoción de Ascenso a Regional Preferente, teniendo como rival al CD Pedralba, equipo con el que el Atzeneta UE perdió 1-0 en la ida, pero se impuso en casa por 4-0, logrando el ascenso ante la gran ilusión de la afición ‘taronja’ al subir a una importante categoría.

Teniendo en cuenta que la localidad cuenta con poco más de mil cien habitantes, militar en Regional Preferente es un logro encomiable, pero con la aportación y el apoyo del Grupo Ubesol, principal patrocinador, los límites están para romperlos. Tras quedar decimosegundo en la campaña del debut en Preferente (15/16), en la 16/17 se llevaron a cabo determinadas gestiones para tratar de lograr otro ascenso, en este caso a Tercera División. Se consiguió acabar primero de Liga en un torneo muy igualado, imponiéndose a la UE L’Alcúdia, UD Benigànim y UE Gandía. En la Promoción de Ascenso a Tercera División, el Atzeneta UE ganó en la semifinal al CD Acero, quedando 2-2 en la ida y venciendo en casa por 2-1. Se jugó la final frente al CD Roda, pero no se consiguió el ascenso, por el valor doble de los goles a domicilio, ya que se quedó 1-1 en la ida y 3-3 en la vuelta.

En la temporada 17/18, Grupo Ubesol hizo una mayor aportación y se hizo, de nuevo, un equipo campeón, alzándose con el segundo título consecutivo en la categoría. En la Promoción de Ascenso el Atzeneta UE se batió en duelo al Rayo San Antonio de Benagéber CF en semifinales, quedando 0-0 en la ida y derrotándole en casa por 1-0. El combinado ‘taronja’ logró el ascenso a Tercera División tras ganar en la final a la UD Vall d’Uxó, quedando 0-0 en la ida e imponiéndose con un contundente 4-0 en El Regit.

En la 18/19 con el equipo militando en el cuarto nivel nacional, se incorporaron grandes jugadores con los que no solo se pretendía mantener la categoría, sino aspirar a quedar lo más arriba posible. Y así lo hizo el Atzeneta UE, finalizando la temporada en la sexta posición del Grupo VI valenciano.

Tras este buen resultado, en la 19/20 el club se hizo con los servicios de David Albelda como entrenador. Se incorporaron a la plantilla jugadores experimentados con los que se pretendía optar al ascenso. La temporada no empezó como se esperaba, pero el equipo fue poco a poco escalando posiciones hasta finalizar tercero en el mes de marzo, momento en el que la Federación Española decretó la suspensión de los campeonatos a partir de la categoría de bronce hacia abajo. El Atzeneta UE jugó la Promoción de Ascenso, ya que decidieron que debían disputarla los cuatro primeros clasificados de cada grupo de la categoría a nivel regional. Las eliminatorias eran directas a partido único hasta que se proclamase un vencedor. En las semifinales y en terreno neutral como es El Collao, el equipo se impuso a la UD Alzira por 3-1, lo que suponía el acceso a la gran final, también en terreno neutral. El Atzeneta UE se impuso al CD Alcoyano en el Estadi Olímpic Camilo Cano, del CF La Nucía, por 1-0 con el gran tanto de Álex Chico en el minuto 35, logrando así un ascenso muy merecido a Segunda División ‘B’.

2020-2021

Durante la temporada 20-21, hubo dos fases para reestructurar las categorías del fútbol español, por lo que la campaña fue mucho más corta de lo habitual. En la primera vuelta el Atzeneta UE no logró los puntos merecidos, pero efectuó una segunda vuelta espectacular, siendo el equipo que más puntos cosechó durante la segunda mitad de la temporada. Pese a ello, se quedó a tan solo un punto de mantener la categoría en la primera fase. La última jornada fue de infarto. El combinado ‘taronja’ logró la victoria frente a la SCR Peña Deportiva en Santa Eulalia del Río, pero dependía de otros encuentros para asegurarse la permanencia en la denominada “Segunda RFEF”, por lo que no fue posible lograr el objetivo. Por ello, en la segunda fase formó parte del grupo en el que los equipos tendrían que luchar por no descender. Hasta el último enfrentamiento de esta segunda fase hubo oportunidades para que el equipo no descendiese, pero el esfuerzo no tuvo recompensa. A pesar de no mantener la categoría, el combinado ‘taronja’ hizo un gran papel durante la primera campaña de su historia en Segunda ‘B’ y dejó muy claro que en este club siempre luchamos hasta el final.